キャンペーンモードとは本作のストーリーモードである。各ステージは勝利して次のステージに進むための一定の目標が設定されている（他作品同様）。以下はゲーム内のキャンペーンモードの各ステージの概要である。
501番部隊の日誌はバトルフロントII（Battlefront II）でのキャンペーン詳細をカットシーンで流しており、これは退役したクローンのベテランによってナレーションされている。
ステージ[]
バトルフロントヒストリカルキャンペーン（Battlefront Historical Campaign）[]
クローン戦争[]
- 第１章：ナブー、ナブー戦争
- 第２章：ナブー、シード内の反乱
- 第３章：キャッシーク、力による交渉
- 第４章：ジオノーシス、ジオノーシスの戦い
- 第５章：カミーノ、カミーノの攻撃
- 第６章：レン・バー、山頂の守り
- 第７章:キャッシーク、キャッシーク戦争
銀河内戦[]
- 第８章：タトゥイ―ン、砂漠での全滅
- 第９章：タトゥイ―ン、モス・アイズリー包囲作戦
- 第10章：レン・バー、レン・バーのサボタージュ
- 第1１章：ヤヴィン４、ヤヴィンへの攻撃
- 第1２章：ヤヴィン４、ヤヴィンの崩壊
- 第1３章：ホス、ホス戦争
- 第1４章：べスピン、クラウドシティの解放
- 第1５章：べスピン、雲の中の戦い
- 第1６章：フォレストムーン、エンドア戦争
バトルフロントII[]
バトルフロントIIのキャンペーンモードは501番部隊のストーリーモードである。このストーリーは、銀河の歴史上で最も優秀なクローン歩兵の歴史であり、彼らはCISを排除したり、反乱同盟軍を潰そうとするダース・ベーダーを助けたりする。
パート１：ミッション(共和国)[]
- 第１章：ジオノーシス、クローンの攻撃（トレーニング）
- 第２章：マイギートー、廃墟の中で
- 第３章：コルサントスペース、決死の救出作戦（随意）
- 第４章：フェルーシア、闇の心
- 第５章：キャッシーク：宇宙、最前線の守り（随意）
- 第６章：キャッシーク、砂に書かれた一線
- 第７章：ウータパウ、地下の待ち伏せ
- 第８章：コルサント、オペレーション：ナイトフォール
パート２：ミッション（帝国）[]
- 第１章：ナブー、帝国の外交
- 第２章：ムスターファ宇宙、対策（随意）
- 第３章：ムスターファ、問題の解決
- 第４章：カミーノ、ガードの変更
- 第５章：デス・スター、脱獄
- 第６章：ポリス・マサ、反乱の誕生
- 第７章：タンティブIV、計画を取り戻せ
- 第８章：ヤヴィン４宇宙、ヴェーダ―の拳での反撃（随意）
- 第９章：ヤヴィン４、帝国の逆襲
- 第１０章：ホス、私たちの最も輝いていた時間
バトルフロント：レネゲイドスコードロン（Battlefront Renegade Squadron）[]
「レネゲイドスコードロン」のキャンペーンは銀河内戦中にセラ大佐によって結成された秘密の反乱軍スコードロンであるレネゲードスコードロンの活動内容となっている。
- 第１章：ヤヴィン４、ヤヴィン４からの脱出
- 第２章：宇宙オルデラン、ホロクロンの回収
- 第３章： オード・マンテル、オード・マンテルからの脱出
- 第４章：宇宙ケッセル、アクバー提督の救出
- 第５章：タトゥイ―ン、アクバーのクルーの救出
- 第６章： ボーズ・ピティ、ボーズ・ピティからの逃亡
- 第７章：エコー基地、エコー基地からの脱出
- 第８章：宇宙ホス、ホスからの脱出
- 第９章： コリバン、皇帝への攻撃
- 第１０章： サラスト、帝国の気を散らす
- 第１１章：エンドア、反乱軍の援助